A katonai szektor valójában megegyezik azzal, amit eddig az elméletben tévesen biztonságpolitikának hívtak, és kizárólagos biztonsági dimenziónak tekintettek. A katonai szektorban megjelennek a korábban ismert elemek, vagyis hogy itt az állam legfőbb célja a területének és lakosságának a védelme. Ebben a szektorban a fenyegetést eddig csak a status quo-val elégedetlen államok jelentették, de mára ez átalakult. Bizonyos új típusú kihívásokra az államok katonai eszközökkel válaszolnak, katonai felkészüléssel védekeznek ellenük.
Alapvető változás, hogy a háborúk képe átalakult. Az 1990-es évek óta egyértelmű, hogy a katonai szektorban jelentkező kihívások aszimmetrikusak (tehát különböző méretű, erejű, szintű szereplők vesznek benne részt. Pl.: Az Egyesült Államok harcol bizonyos terrorista csoportokkal).
Ennek első jellemzője a „hálózati hadviselés". Az egész világon összefüggő társadalmi, gazdasági és politikai hálózatok vannak, s ezek tevékenységüket általában globálisan fejtik ki. Sokszor a katonai elemet magukban hordozó új típusú biztonsági kihívások ilyen jellemzővel rendelkeznek. Éppen emiatt a konfliktusoknak jóval az ország határain túlmutató hatásai vannak, ami miatt nagyon nehéz felvenni ellene a harcot. Ezek a hálózatok, amennyiben erőszakos, vallási fundamentalista, vagy egyéb, a status quo-t erőszakkal megváltoztató célokat tűznek ki, jelentős biztonsági fenyegetéssé válhatnak. Elég utalni például a Pakisztánban, vagy Afganisztánban működő imámképzőkre, és a feltételezett kapcsolatra az új évezredben bekövetkezett terrortámadások között. Ennek a hadviselésnek egy jó példája lehet az Egyesült Államok „háborúja a terrorizmus, de azon belül is az al-Kaida ellen.
A háború átalakulásának másik fontos típusa a „távolsági hadviselés", amely egy kockázatáthárító megoldás. Ahogyan az 2001-ben is történt, az Egyesült Államokba biztonsági kihívás érkezett a tőle rendkívül távol eső afganisztáni területről, ezért a saját érdekeit követve beavatkozott. Ez azért volt szükséges, mert azon a távoli helyen olyan biztonsági helyzet alakult ki, amely kiindulópontjává vált egy, az Egyesült Államok területén bekövetkező terrorcselekménynek. A távolsági hadviselés lényege, hogy kis áldozatokkal járó háborút vívjanak meg a fejlett országok, a saját területüktől távol, a fenyegetések forrását elfojtva. A fejlett nyugati társadalmak nem viselik el a háborús áldozatok magas számát, ezért is igyekszik a beavatkozó fél a háborúját nagy távolságból megvívni, és a tényleges harci cselekményeket egy helyi szövetségessel kiviteleztetni. A NATO és a Koszovói Felszabadítási Hadsereg kapcsolata, vagy az afganisztáni „Operation Enduring Freedom"-ban szervesen közreműködő Északi Szövetség a két legtisztábban megjelenő példája ennek a hadviselési modellnek.
A háborúk, vagy a hadviselés harmadik típusát az ún. neo-modern háborúk jelentik. Ez továbbra is az államok közötti konfrontációt jelenti, tehát olyan biztonsági stratégiát, amely továbbra is a hagyományos államok közötti katonai összecsapásokra épít. Példaként említhető Irán, aki hagyományos államok közti konfrontációra épít biztonságpolitikájában, ami magyarázza, hogy miért törekszik atomhatalommá válni.
A 2001. szeptemberi terrorista merényletek, és a közvetlen reakcióként következő afganisztáni háború arra hívták fel a figyelmet, hogy a 21. század a területhez kevésbé köthető fenyegetésekről és az arra adott válaszokról fog szólni. A katonai szektorban jelentkező aszimmetria nem csupán kihívás, hanem egy létező jelenség, amely egyszerre jelent sebezhetőséget és eszközt minden nemzetközi szereplő számára. Az igazi problémát az jelenti, hogy a jelenlegi biztonsági rendszer segítségével nem kezelhető. Az aszimmetria mára kilépett a szigorúan vett hadviselés fogalomköréből, így katonai eszközökkel már igen nehéz választ adni rá
A lehető legrosszabb eshetőség szerint a legfenyegetőbb probléma a 21. században a terrorizmusnak és a tömegpusztító fegyverek proliferációjának az összekapcsolódása. Mindezt többek között a Javier Solana féle 2003-as Európai Biztonsági Stratégia is kiemeli. Az aszimmetria ott jelenik meg, hogy gyenge és bukott államokat „telephelyként" használó terrorista csoportok tömegpusztító fegyverekhez juthatnak, amelyek alapvetően azzal a céllal készültek, hogy államok használják fel őket állami célok érdekében. Valós veszélyként a biológiai, kémiai és radiológiai fegyverek jöhetnek számításba ebben a kontextusban, mivel egyértelmű, hogy egy terrorista csoport nem fog használható nukleáris technológia birtokába jutni. Ennek több oka is van, egyrészt nukleáris robbanóanyag előállítása nem olcsó, másrészt az előállításhoz szükséges technológiai infrastruktúra és szakértelem nehezen férhető hozzá a polgári felhasználásban. Számos nemzetközi intézmény és konvenció már az előállításhoz szükséges alapanyagok beszerzését is kontrollálja, ezért még a nukleáris ambíciókkal rendelkező államok, mint Irán, vagy Észak-Korea sem képesek észrevétlenül nukleáris fegyvereket előállítani. Nem túl valószínű, hogy egy terrorista csoport nukleáris fegyver használatára törekedne, mivel a költség-eredmény reláció számukra azt értelmetlenné teszi.
A „szegény emberek" atombombái a biológiai, vegyi és radiológiai fegyverek, amelyek potenciálisan terrorista felhasználású pusztító eszközzé válnak, válhatnak. Új jelenség a nemzetközi terrorizmussal kapcsolatban, hogy a terrorszervezetek ma már, köszönhetően a fundamentalista ideológiájuknak, nem törekszenek a lakosság szimpátiájának megnyerésére, ezért nem válogatnak a célpontok között. A lehetséges célpontok ezért egyértelműen polgári és nem-katonai létesítmények, ami miatt még korlátozott számú áldozat vagy kis mértékű fizikai pusztítás esetén is nagy pszichológiai hatással jár minden ilyen jellegű támadás. További problémát jelent, hogy ilyen fegyverek előállítását sokkal nehezebb kontrollálni, mivel mind az előállításhoz szükséges technológia és szakértelem, mind a felhasznált alapanyagok duális felhasználásúak, azaz nem egyértelműen pusztító célzatúak, és jelen vannak a mindennapi civil életben. Például egy egyszerű petárdákat gyártó üzem alkalmas kémiai fegyverek előállítására is, illetve a gyógyszergyártásban felhasznált eszközök és technológiák bármikor lehetővé teszik biológiai fegyverek előállítását is. Valamivel nehezebb a terroristák helyzete az úgynevezett „piszkos bombák" azaz a radiológiai fegyverek esetében. A Szovjetunió felbomlása azonban azzal is együtt járt, hogy a különböző harcászati atomfegyverek őrizetlenül maradtak az elszakadt volt tagköztársaságokban, akiknek sem pénze, sem eszközrendszere nincs azok megsemmisítésére. Az igazi fenyegetést ezen felül az jelenti, hogy pontosan nem is lehet tudni, hogy mennyi ilyen jellegű fegyverről van szó. A probléma komolyságát jelzi, hogy az FBI minden évben helyzetértékelést végez, amely szerint az Al-Kaida, a Hezbollah és a kolumbiai FARC is biológiai, kémiai és radiológiai fegyverek beszerzésére és használatára törekszik. Ezek a szervezetek mindkét alapfeltétellel rendelkeznek a „sikerhez" vezető úton: laboratóriumokat tudnak fenntartani egy-egy nem működő állam területén, és rendelkeznek megfelelő anyagi erőforrásokkal, ami a fegyverek előállításához szükséges.
Nehezen kategorizálható, de szintén új formában jelenik meg a nemzetközi szervezett bűnözőcsoportok által keltett fenyegetés. A különböző maffiacsoportok önmagukban is fenyegethetik egy-egy állam biztonságát, de mivel alapvetően gazdasági motiváció vezérli cselekedeteiket, valójában a kriminológia és nem a biztonságpolitika témakörébe tartoznak. Azonban egyre inkább megfigyelhető az a trend, hogy a terrorista csoportok együttműködést kezdeményeznek különböző területeken a bűnözői csoportokkal, egy, hogy annak infrastruktúráját használják, kettő, hogy saját tevékenységüket finanszírozzák. Az együttműködésnek tehát valójában egyszerű technikai okai vannak, vagyis hiába térnek el a célok a két csoport esetében, az alkalmazott módszerek, amellyel azt elérni igyekeznek, egyre inkább megegyeznek. A két csoport együttműködése elsősorban úgy alakul ki, hogy használják egymás „szolgáltatásait", például hamis papírok beszerzése vagy emberrablások során. A későbbiek során az együttműködés olyan intenzívvé válhat, hogy igazából nem lehet megkülönböztetni a két csoportot egymástól, erre Latin-Amerikában számos példa akad, elég csak a Kolumbiában tevékenykedő, már említett, FARC-ra gondolni. A nemzetközi bűnszervezetek problémája ezért jól láthatóan kilépett az egyes országok belügyének hatóköréből, mert ezen csoportok céljaik elérése érdekében terrorista eszközöket használnak, ráadásul a szimbiotikus együttélés során céljaik megváltoznak és transznacionális jelleget öltenek, mivel egyre több elemet átvesznek a terrorista csoport céljaiból. A transznacionalizálódó bűnözői hálózatok ilyen értelemben nem csak gazdasági és társadalmi dimenzióban jelentenek kihívást, mert segítséget nyújtanak a terrorszervezeteknek a működésükhöz. A terrorizmus ellenes stratégiák gyakran elhanyagolják ezt a tényt, pedig egyre nehezebb a két kihívást külön kezelni.